De Lebuinuskerk heeft drie orgels: het Holgräve (hoofd-) orgel, een koororgel en een kistorgel. Het hoofdorgel is in de jaren 2017 en 2018 gerestaureerd, waarover een driedelige videoserie is gemaakt (zie hieronder). Na de restauratie kan het orgel zich weer rekenen tot een van de mooiste en bekendste orgels van Nederland. In de Lebuinuskerk worden regelmatig orgelconcerten gehouden. De muzikale leiding in de Lebuinuskerk is in handen van cantor-organist Kirstin Gramlich.